特殊工时制度又称非标准工时制，是指法定只适用于特殊情形并且工时长度和作息办法都不同于标准工时制的工时形式。目前在我国的劳动用工管理领域特殊工时制主要是指不定时工作制和综合计算工时工作制。
企业实行特殊工时制度需向当地人力资源社会保障部门申请审批（登录“福建省网上办事大厅”办理），未经批准不得擅自实施。
不定时工作制是指因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者所采用的一种工时制度。主要有以下规定：
企业中的特定人员：高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工。
特定工作性质人员：长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工。
其他适合人员：因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。
不受常规加班限制：经批准实行不定时工作制的职工，不受《中华人民共和国劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。
确保休息休假权利：对于实行不定时工作制的劳动者，企业应当根据标准工时制度合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息。
实行不定时工作制的劳动者，其工资由企业按照本单位的工资制度和工资分配办法，根据劳动者的实际工作时间和完成劳动定额情况计发。对于符合带薪年休假条件的劳动者，企业应安排其享受带薪年休假。
一般来说，经批准实行不定时工作制的用人单位，在法定休假日安排劳动者工作的，根据《工资支付暂行规定》等规定，不执行有关加班工资的规定。
不过，如果用人单位依法制定的规章制度或依法签订的劳动合同、集体合同有约定的，按约定执行。
综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需要连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。主要有以下规定：
交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的职工；其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
只要在一个综合工时计算周期内的总工作时间数不超过以标准工时制计算的应当工作的总时间数，即不视为加班。若超过，则超过部分视为延长工作时间，应按不低于工资的150%支付加班工资。法定休假日安排劳动者工作的，按不低于工资的300%支付报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
1、企业应当建立健全职工工作时间的登记制度，对职工的工作时间做好书面记录，并保存备查，以便在劳动争议发生时能够提供证据。
2、对于第三级以上（含第三级）体力劳动强度的工作岗位，职工每日连续工作时间不得超过11小时，且每周至少休息1天。
3、加班工资的计算基数通常按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定，但不得低于当地最低工资标准。如双方没有约定，或约定标准低于集体合同或本单位工资支付制度标准的，按照集体合同或本单位工资支付制度执行；前两项无法确定工资标准的，按劳动者提供正常劳动所能获得的相对固定的基本工资、岗位工资、职务工资、工龄工资、级别工资等应发工资确定。
制度工作时间包括年工作日、季工作日、月工作日。
年工作日：365天-104天（休息日）-13天（法定节假日）＝248天
季工作日：248天÷4季＝62天/季
月工作日：248天÷12月＝20.67天/月
工作小时数的计算：以月、季、年的工作日乘以每日的8小时。
月工作小时数=20.67天×8小时=165.36小时。
季工作小时数=62天×8小时=496小时。
年工作小时数=248天×8小时=1984小时。
按照《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的13天法定节假日。据此，日工资、小时工资的折算为：
日工资：月工资收入÷月计薪天数
小时工资：月工资收入÷（月计薪天数×8小时）
月计薪天数：（365天-104天）÷12月＝21.75天